2022年8月16日（火）より西九州新幹線の事前予約が始まりました。JR九州が運営しているインターネット予約、およびJR西日本のe5489で予約を行うことができます。なお、現在の時点で、JR九州が運営しているインターネット予約の事前予約は、1番列車を含め上限に達しているため、事前予約はできなくなっております。なお、事前予約をしたからといって、必ず席を確保できるわけではありませんのでご注意ください。
JR九州インターネット予約（会員登録必要）（無料）→
https://train.yoyaku.jrkyushu.co.jp/jr/pc/consumer/TopMenu.do
JR西日本e5489（会員登録必要）（無料）→
9月23日に武雄温泉〜長崎間が部分開業することにより、運賃と特急料金の申請通りに、国が認可した。
新幹線、リレー特急ともに自由席利用の場合、博多〜長崎は乗車券と特急券の合計で、5520円となった。現在の特急かもめ号より460円高くなる。指定席は6050円（通常期）である。
佐賀〜長崎の場合は、リレー特急、新幹線ともに自由席利用の場合、乗車券＋特急券の値段は4100円となり、現在の特急かもめより130円高くなる。指定席の値段は公表されていないが、博多〜長崎、武雄温泉〜長崎ともに530円の差なので、指定席の料金は、通常期で4630円になると思われる。
武雄温泉〜長崎の場合は、新幹線自由席利用の場合、乗車券＋特急券の値段は3070円となり、指定席は3600円（通常期）となる。
隣駅までの利用の場合（長崎駅発の場合は新大村駅まで）は自由席の特急料金が870円と安くなる。
現在、福岡〜長崎は高速バスとも競合している。割引きっぷは今後発表するそうだ。JR九州ネット予約から出来るようになると思われる。
JR九州ネット予約はこちら→
https://train.yoyaku.jrkyushu.co.jp/jr/pc/consumer/TopInitAction.do